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单机安装MPI并行的OpenMolcas

叫个啥名字 发布于 阅读:848 linux


安装过程需要注意当前系统环境,例如需要临时关闭intel编译器的环境变量等等。

  1. 安装依赖
    安装线性代数库blas和lapack,
    sudo yum install -y blas lapack-devel
    安装fortran,
    sudo yum install -y gcc-gfortran
    安装openmpi, 一个高性能的消息传递库,
    sudo yum install -y openmpi openmpi-devel
    然后通过module load加载openmpi,
    module load mpi/openmpi-x86_64
    安装python3.6 版本,
    sudo yum install -y epel-release
    sudo yum install -y python36
    sudo yum install -y python3-pip
    pip3 install --user pyparsing -i https://pypi.douban.com/simple/
    安装openssl,
    sudo yum install -y openssl openssl-devel
  2. 安装OpenBLAS
    wget https://github.com/xianyi/OpenBLAS/releases/download/v0.3.20/OpenBLAS-0.3.20.tar.gz
    tar vxzf OpenBLAS-0.3.20.tar.gz
    cd OpenBLAS-0.3.20/
    make USE_OPENMP=1 NO_LAPACK=0 INTERFACE64=1 BINARY=64 DYNAMIC_ARCH=1 libs netlib shared
    make PREFIX=/opt/wsy/openblas-lapack-ilp64 install
    编译后的库,安装到了/opt/wsy/openblas-lapack-ilp64目录。
  3. 安装ga
    wget https://github.com/GlobalArrays/ga/releases/download/v5.8/ga-5.8.tar.gz
    tar vxzf ga-5.8.tar.gz
    cd ga-5.8/
    ./configure --enable-i8 --with-blas8=/opt/wsy/openblas-lapack-ilp64 --prefix=/opt/wsy/ga58-ilp64.OpenMPI
    make -j16
    make install
    编译后的库,安装到了/opt/wsy/ga58-ilp64.OpenMPI目录.
  4. 下载最新 cmake
    使用二进制包即可
    下载地址:https://cmake.org/download/
  5. OpenMolcas编译
    wget https://gitlab.com/Molcas/OpenMolcas/-/archive/v22.02/OpenMolcas-v22.02.tar.gz
    tar vxzf OpenMolcas-v22.02.tar.gz
    cd OpenMolcas-v22.02/
    mkdir build && cd build/
    export GA=/opt/wsy/ga58-ilp64.OpenMPI
    export GAROOT=/opt/wsy/ga58-ilp64.OpenMPI
    export OPENBLASROOT=/opt/wsy/openblas-lapack-ilp64
    CC=mpicc FC=mpifort cmake -DMPI=ON -DGA=ON -DLINALG=OpenBLAS -DBUILD_TESTING=OFF -DOPENMP=ON ../
    用ccmake进行细节修改
    ccmae ../
    make -j16
  6. 程序执行
    注意OpenMP默认打开的,需要用export OMP_NUM_THREADS=1来设置线程数量(不建议开多线程)。
    ./pymolcas -np 10 *input
    10个MPI进程

OpenMolcas

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